拿著排笛、穿著羽毛衣的帕帕基諾，哼著「我是一個快樂的捕鳥人」﹙Der Vogelfaenger bin ich ja﹚進來，讓清醒後的塔米諾誤以為是帕帕基諾殺死怪龍，而他竟也大方地承認了。結果三位侍女再度出現，她們先懲罰說謊的帕帕基諾，用鎖將他的嘴巴封住，然後把一幅畫著夜后女兒帕蜜娜的肖像拿給塔米諾欣賞。

    塔米諾驚嘆公主的美麗，唱出詠歎調「這是多美麗的肖像」﹙Dies Bildnis ist bezaubernd Schoen﹚，他發誓要永遠擁有這位美人兒，於是侍女們說公主被一位可惡的魔術師拐走，希望王子能夠救出她。塔米諾確定公主還是一位貞潔的處女後，決心要讓帕蜜娜脫離苦海，這時雷聲隆隆，夜后莊嚴地出現了。

    夜后請求塔米諾安慰一位母親的痛苦，鼓勵塔米諾為她拯救女兒，那麼帕蜜娜便會永遠屬於他。夜后唱完這華麗的詠歎調「你可以去解救她」﹙Du, du wirst sie zu befrien gehen﹚後消失，三位侍女送給王子一支有魔力的金笛，也給死都不肯去惡魔那兒的帕帕基諾一只銀鈴，並指示說前方會有三位男童指引他們。

「魔頭」的城堡發生的事

    第二場景轉到魔頭薩拉斯托的城堡，他的黑人奴隸莫諾斯塔托企圖強暴可憐的帕蜜娜，恰巧帕帕基諾鬼頭鬼腦地走進來。帕帕基諾見到像人一樣的黑炭、而莫利斯塔托也看到全身鳥毛的怪物，兩人嚇得分別逃開。所幸帕帕基諾又自言自語走回來，他認出帕蜜娜的模樣，並告訴公主有位愛戀她的王子即將前來拯救她。帕蜜娜想都不想就認定這人必是自己的心上人，於是和帕帕基諾唱出優美的二重唱「知道愛情的男人，一定有一顆溫柔體貼的心」﹙Bei Maennern, welche Liebe Fuehlen﹚。

    而與帕帕基諾分散的塔米諾，在三位男童的帶領下來到魔頭的聖殿。這時裡面裡傳來辯論者的聲音，告訴王子說薩拉斯托不是惡魔而是聖人，並表示帕蜜娜安然無恙。塔米諾很高興地吹起魔笛，森林的動物竟然都跟著扭來扭去，他驚訝地唱出「多奇妙的笛聲啊！」﹙ Wie stark ist nicht dein Zauberton﹚，希望把笛聲傳到帕蜜娜那裡，結果聽到了帕帕基諾的排笛聲，於是他一路追索過去。

    這時的帕蜜娜與帕帕基諾正被莫諾斯塔托追趕著，千均一髮之際，帕帕基諾搖起銀鈴，所有的奴隸居然都載歌載舞起來，兩人唱著歌讚美這只銀鈴。不過他們的歌聲卻被進行曲打斷，原來是薩拉斯托打獵後回到神殿，帕蜜娜向他控訴莫諾斯塔托想要強暴她，所以不得不逃走。而正巧莫諾斯塔托捉著塔米諾進場，兩個不曾見面的王子與公主，一看到對方便擁抱起來，莫諾斯塔托生氣地要薩拉斯托懲罰他們。

    然而薩拉斯托卻責令將莫諾斯塔托拖下去鞭打，並將塔米諾與帕帕基諾綁起眼睛送去聖殿修行。他在聖殿率領眾祭司對神祈禱，唱出著名的「伊西斯神與歐西利斯神」﹙O Isis und Osiris﹚後退場。塔米諾為了追求愛情，願意接受考驗，但是帕帕基諾卻只想要睡覺、講話和喝酒，於是祭司說如果他通過考驗，薩拉斯托將送他一個美麗少女帕帕基娜，帕帕基諾總算也答應了。

沉默的考驗

    第一關要考驗「沈默」，夜后的三位侍女突然出現，責罵他們忘恩負義，被祭司打進地獄去。此時在花園中，莫諾斯塔托又想非禮帕蜜娜時，這次是被來無影去無蹤的夜后趕跑。夜后要求女兒殺死薩拉斯托，帕蜜娜卻驚慌地拒絕了，夜后憤怒地唱出「我心燃燒著怒火」﹙Der Hoelle Rache kocht in meinem Herzen﹚，激動地說若不殺掉薩拉斯托，那麼她永遠都不認這個女兒。莫諾斯塔托看到夜后離去後，準備三度對帕蜜娜伸出祿山之爪，薩拉斯托緊接出現，他只好趁機溜掉。而薩拉斯托安慰忠孝不能兩全的帕蜜娜唱出「在這神聖的殿堂裡，沒有人會想到報仇的事」﹙In diesen heil’gen Hallen﹚，便帶著她離去。

    回到考驗的場景，兩個男人得繼續保持緘默。但帕帕基諾卻吵著要喝水，突然就有一位老太婆拿著水出來，自稱是十八歲的她，還說自己有個愛人名叫帕帕基諾，捕鳥人還沒問清楚，老婆婆一下子就被雷聲趕跑。接著帕蜜娜也來了，但是塔米諾無法解釋不說話的原因，帕蜜娜傷心地唱道「愛情的歡愉像朝露般消逝」﹙Ach, ich fuehl’s, es ist verschwunden﹚後哭著離開。

美好的結局

    在眾祭司的大合唱中來到最後的考驗，辯論者說帕帕基諾已經完全失敗，將要被關在這裡，不過天生樂觀的帕帕基諾閒極無聊又開始唱道：「如果有個愛人或妻子該有多好」﹙Ein Maedchen oder Weibchen﹚，結果那位老婆婆又出現了，要求帕帕基諾發誓永遠愛她，否則一輩子都離開不了這黑房。帕帕基諾衡量利弊得失後決定愛她，老婆婆立刻變成可愛的少女，可是當帕帕基諾衝過去抱她時，帕帕基娜就被辯論者帶走。另一方面，以為被拋棄的帕蜜娜難過得想要自殺，卻被三位男童阻止，帶她到塔米諾身邊。兩人熱情地擁抱在一起，帕蜜娜訴說魔笛的由來，而塔米諾便吹著魔笛，攜手走過烈火洪水的考驗，終於贏得勝利走進聖殿。

    這時帕帕基諾四處尋找他的帕帕基娜，絕望之餘準備上吊自殺，看看是否有人會來拯救他，不料無人睬理。帕帕基諾正決定一死百了之際，三位男童又適時出現，提醒他運用銀鈴的魔力，果真帕帕基娜應著鈴聲出現。兩個人開心地唱出「帕、帕、帕、帕帕基諾！」，他們要生下一窩的小帕帕基諾與小帕帕基娜。

    有情人終成眷屬，可是夜后仍不死心，她答應將女兒嫁給肯帶路莫諾斯塔托，率領三位侍女潛進聖殿裡，但突然雷雨交加，把他們全部打入地獄的深淵去。而在薩拉斯托的宣告下，從此王子與公主、捕鳥人與捕鳥女過著幸福愉快的日子。